Sebastian Hillnhütter arbeitete nach seinem Studium mehrere Jahre als projektleitender Bauphysiker bei der BAKUS Bauphysik & Akustik GmbH in Zürich. Dabei betreute er zahlreiche renommierte Projekte wie den Prime-Tower und das Letzigrund-Stadion in Zürich. Nach seiner Rückkehr nach Schwäbisch Hall gründete er mit Markus Binder das interdisziplinäre Planungsbüro CAPE. Seit 2012 hat er an der Staatlichen Akademie der Bildenden Künste Stuttgart einen Lehrauftrag für Bauphysik inne.